La torre de Báguena es un ejemplo del mudéjar tardío del Valle del Jiloca turolense. Situada a los pies en el lado de la epístola, tiene cinco cuerpos, el inferior de cantería rectangular y los restantes de ladrillo de forma octogonal con envolvente elíptica: esto es, sus dos ejes transversales son de distinta dimensión al levantarse sobre un cuerpo de torre de planta rectangular. Las pilastras de esquina refuerzan la composición, con óculos y vanos de medio punto en los distintos cuerpos y diseños mudéjares en los paños ciegos -rombos o lacerías que se mezclan con otros, como arquillos o cruces.

Sabemos que fue levantada entre 1609-11 por el cantero Pedro Aguilera. Originalmente la torre acababa en un cuerpo semiesférico que hubo de ser reparado con frecuencia. Al medio siglo de su construcción, en 1658, está documentada una intervención del obrero de villa Jusepe Quílez y del carpintero Pedro de Fuentes para reformar el chapitel. Su aspecto actual sin embargo es de 1760 cuando Alejandro Sanz, maestro de obras de Daroca, intervino en él creando esta terminación barroca que incorpora motivos tradicionales mudéjares.